Les confinements modifient la sélection naturelle des virus.

Bonjour/Bonsoir.

Il semblerait que les confinements exercent une pression sélective. Le virus pouvant moins se transmettre lors de ces phases, la nature sélectionnerait les mutations qui vont rendre le virus contagieux malgré les confinements. En tous cas c'est une hypothèse crédible.

"En matière d’évolution, la mise en place des différentes restrictions et du confinement mettent le virus sous ‘pression sélective’. Quand la propagation du virus entre les personnes est rendue plus difficile, toute souche qui a muté et a donc un plus grand pouvoir de contamination en sort renforcé et devient ‘un super virus’ à force de pouvoir se reproduire plus souvent.
Le confinement de novembre, qui a permis à Boris Johnson de tenir sa promesse de cinq jours de fête à Noël, n’a donc fait qu’empirer les choses."

https://www.courrierinternational.com/une/inquietudes-au-royaume-uni-un-virus-hors-de-controle

On ne cesse d'en découvrir avec ce virus, mais c'est somme toute assez logique: il a lui aussi un instinct de survie.

Et puis, plus contagieux ne signifie pas plus mortel (à l'échelle de l'individu, même si au final, cela peut engendrer plus de malades (et de morts) dans une population donnée).

Le problème c'est que même si ce virus (et ces variants) tuent peu, ils engorgent les services de soins, déjà affaiblis...

"Deux "clusters à risque" du variant britannique du coronavirus, plus transmissible, ont été détectés en France - en Bretagne et en Île-de-France - a indiqué le ministre de la Santé, Olivier Véran, jeudi 7 janvier.

"On risque de voir une explosion de l'épidémie probablement d'ici quinze jours environ en France"."

Il y a pas que le virus qui mute, il y a aussi la façon de voir le problème dans ça globalité, d'après ce que j'ai compris les gens qui on était comtaminé et ceux qui on était vacciné on une immunité de 6 à 8 mois, après on c'est pas trop.

Et la je me pose la question dans un ans le problème sera réglé ? J'ai bien l'impression que non, à moins qu'on puisse vivre avec qu'on mette le paquet sur la prévention et le traitement précoces pour éviter les réanimation qui coûte 4000 euro par jour et par malades.

"Cette disparition du virus grippal dans l’hémisphère Nord (si elle est avérée) est assez inquiétante car la grippe n’ayant pas été éradiquée, seuls les virus les plus contagieux seront capables de se transmettre : ils sont en compétition avec le SARS-CoV-2 plus efficace sans doute et occupant la même niche écologique. Les mesures de distanciation physique appliquées sur toute la planète vont en général sélectionner des virus plus contagieux."

stop aux fake news pitié.

Bonsoir. Qu'est ce qui te permet d'affirmer que ce que j'apporte comme données au forum sont fausses ? Je donne mes sources. Quand je donne des hypothèses personnelles, je le précise. Stop à la pensée unique, par pitié. Cela ne fait pas avancer le progrès humain ou la connaissance.

Il est intéressant de noter que les scientifiques ne sont pas d'accord. Cet article émet l'hypothèse que c'est le contraire et que ce sont les non confinements qui seraient vecteurs de mutations. Le Covid 19 a permit de faire comprendre aux gens que les scientifiques ne sont pas tous d'accord. C'est cela la science.

"«Quand on réduit le nombre de contaminations, on restreint le terrain de jeu du virus» et donc les probabilités d'une mutation problématique, explique le Dr Emma Hodcroft, épidémiologiste à l'Université de Berne.

Au contraire, dans un contexte de circulation élevée du virus, «on maximise les opportunités pour le virus de rencontrer un certain scénario ou une certaine personne qui par hasard pourrait conduire à quelque chose qu'on ne voulait pas», poursuit-elle, évoquant un jeu de «roulette».

«C'est une combinaison entre d'un côté la quantité de virus qui circule, le nombre de fois où on lance le dé, et de l'autre l'environnement du virus», précise Wendy Barclay, virologue à l'Imperial College de Londres, faisant référence par environnement, à un monde où le virus s'est largement répandu."

https://www.la-croix.com/Covid-19-variants-entre-roulette-russe-selection-naturelle-2021-01-23-1301136563

Intéressant ce paragraphe de Santé Publique France.
En gros, à la mi mars 2020, on ne savait pas si les cas étaient grippaux ou covidiens... C'était vraiment le flou. Par la suite, on a arrêté de chercher la grippe dans les tests.

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https://www.santepubliquefrance.fr/content/download/237517/2535148

De toutes façons, c'est du bon sens. Évidemment que les confinements (ou les gestes barrières par exemple) modifient l'écologie des virus. En bien ou en mal. Ça me paraît également logique (mais ce n'est qu'une hypothèse) qu'en rendant la circulation des virus et des bactéries plus difficiles, on sélectionne les plus contagieux (pas les plus dangereux).

On peut faire un parallèle avec les rats. Tu enfermes 100 rats dans un labyrinthe.
Seuls les plus intelligents arrivent à sortir, puis ceux ci vont se reproduire. Au final, tu as sélectionné des rats plus intelligents. Les descendances futures seront plus intelligentes. C'est de la sélection naturelle (enfin pas si naturelle si ce sont les humains qui sont à la base de l’expérience), du darwinisme (dans sa définition stricte). Tu peux faire une expérience similaire mais en sélectionnant les plus forts physiquement cette fois.

En l'occurrence, ce qui importe à un virus, pour assurer sa multiplication (le but principal de toute vie), c'est sa contagiosité (un virus trop mortel ne se reproduit plus au final, car il tue son hôte avant de se disséminer)... En limitant les interactions humaines, on limite la circulation des virus. Seuls les plus contagieux (et leurs variants) pourront continuer à se disséminer. On créé une pression de sélection artificielle.

Article, qui cette fois, étudie la pression de sélection envers les humains en fonction de leurs expositions aux pathogènes. C'est un peu le contraire de la pression de sélection que font subir les humains aux pathogènes... Mais tout ceci est en fait une évolution conjointe.

"L’histoire de l’homme, c’est aussi l’histoire des pathogènes qui l’infectent et de leur co-évolution. Les maladies infectieuses ont certainement constitué un facteur de pression de sélection majeur dans le processus d’adaptation de notre espèce aux différents environnements dont font partie les pathogènes. Outre la biologie cellulaire, la génétique classique et l’épidémiologie, la génétique des populations et la biologie évolutive offrent des approches et stratégies alternatives pour mieux comprendre cette étroite relation entre l’homme et les microbes, et permettent d’évaluer les conséquences d’une exposition différentielle de l’homme aux environnements pathogènes sur la variabilité du génome humain."

Variants du VIH chez différents patients en fonction du temps :

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Chaque patient possède des variants viraux qui lui sont propres, comme en atteste le regroupement des séquences par individu, soutenu par des valeurs de bootstrap maximales (les bootstraps signent la robustesse de la monophylie à un nœud). Plusieurs variants coexistent chez un patient à un instant donné, mais par soucis de simplicité, cette propriété n'a été illustrée que pour le patient K. Au cours du temps, de nouveaux variants apparaissent, certains étant plus efficaces et remplaçant ceux préexistants. Les derniers variants apparus possèdent les séquences les plus divergentes, comme en atteste la longueur des branches qui augmente avec le temps post-infection. Cet arbre phylogénétique a été obtenu par la méthode de Neighbour Joining à partir de 403 pb de la région env de l'ADN viral. Il a été généré grâce au logiciel MEGA à partir d'un sous-ensemble du jeu de données de la référence 8.

Cette extraordinaire variabilité du VIH est liée à son cycle de réplication très rapide (108 à 109 virions peuvent être produits chaque jour) et à son taux de mutation et de recombinaison élevé. Au cours de la réplication, le VIH mute et de nouveaux variants dérivés apparaissent. Dans un environnement donné, les mutations qui apparaissent peuvent avoir trois types de conséquences :

(i) la plupart des mutations sont délétères (dans le sens où elles conduisent à l'inactivation de gènes codant pour des protéines importantes du cycle viral), les variants qui les portent sont donc rapidement éliminés par la sélection naturelle, faute de pouvoir à leur tour se multiplier ;
(ii) certaines mutations sont bénéfiques, conférant un avantage (en terme de survie ou de reproduction) aux variants qui les portent, qui deviennent dominants dans la population ;
(iii) d'autres mutations n'ont pas de conséquences et ne sont donc pas soumises à la sélection. Une modification de l'environnement (suite à la prise de molécules à effet thérapeutique) peut néanmoins changer la donne.

Ce graphique, illustre l'effet de l’environnement sur le VIH (et donc pour le Covid, des confinements et des non confinements. Mais l'environnement c'est aussi l'alimentation, le sport, le tabac...) :

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Les mutations du VIH peuvent avoir trois types d'effets. (1) Délétère : le variant affecté est contre-sélectionné et disparaît. (2) Neutre : le variant est différent au niveau génétique mais se comporte de la même façon que la souche mère dans l'environnement au sein duquel il apparaît. (3) Bénéfique : le variant est favorisé (meilleure capacité à combattre le système immunitaire du patient et donc à s'y multiplier) et se répand dans la population. L'effet d'une mutation est dépendant de l'environnement dans lequel elle apparaît : le variant rouge est favorisé dans l'environnement A mais pas dans le B, et inversement pour le variant vert.


Je crois que je viens de faire la démonstration scientifique que l'environnement influence la sélection naturelle des virus. Charge à mes contradicteurs de démontrer que cela est faux.

https://planet-terre.ens-lyon.fr/article/selection-VIH-pinsons-Darwin.xml

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http://lhommeenquestions.museedelhomme.fr/fr/selection-naturelle-est-elle-encore-active-nos-jours

"Les virus à ARN, les rétrovirus et les pararétrovirus sont connus pour leur évolution rapide, en raison des taux de mutation élevés et des temps de génération courts. Les erreurs de réplication (mutations et recombinaisons imparfaites) génèrent une grande variabilité. Cependant, les pressions de sélection façonnent la diversité des populations virales, en agissant à différentes étapes du cycle infectieux du virus : les stratégies d'expression du génome, les interactions avec les hôtes et les vecteurs sont les cibles de la sélection. Une telle sélection trie les génotypes en fonction de leur aptitude. Le deuxième paramètre le plus important agissant sur la diversité de la population virale, la dérive génétique, se produit lorsque la taille effective de la population est faible, ce qui semble être fréquent au début de l'infection de l'hôte ou des tissus. Contrairement à la sélection, la dérive est un processus aléatoire et indépendant de la forme physique, qui peut conduire à la fixation de mutations délétères. Malgré leurs taux de mutation exceptionnellement élevés, les virus à ARN semblent suivre les principes classiques de la génétique des populations, comme l'ont montré au cours des deux dernières décennies. "

https://www.jle.com/en/revues/vir/e-docs/levolution_des_virus_a_arn_roles_de_la_selection_et_de_la_derive_genetique__263313/article.phtml

"Le variant anglais du coronavirus est en train de coloniser l’Europe, parce qu’il est plus contagieux. Une illustration de la sélection naturelle, une loi universelle pour tous les organismes vivants découverte par le naturaliste anglais Charles Darwin au XIXe siècle.
(...)
Des variants qui vont être plus contagieux vont être sélectionnés dans les populations du virus.
(...)
Une même évolution observée chez des espèces différentes, ou chez une même espèce mais dans des lieux différents, s’appelle une évolution convergente. Un phénomène qui concerne aussi les trois variants du coronavirus, anglais, brésilien et sud-africain. Une mutation similaire sur trois continents, à des milliers de kilomètres.
(...)
Ces points communs sont liés à l’adaptation au milieu dans lequel ces deux espèces évoluent"

https://www.rfi.fr/fr/podcasts/c-est-dans-ta-nature/20210220-le-darwinisme-appliqu%C3%A9-au-coronavirus