L'hypersensibilité des tests PCR.

Bonjour/Bonsoir.

Les tests PCR aujourd'hui effectués pour détecter le coronavirus sont beaucoup trop sensibles. Ils "zooment" tellement sur les échantillons qu'ils détectent des débris de virus ou des quantités infimes, ne rendant pas la personne malade et encore moins contagieuse. Les cas positifs données chaque jour dans les médias ne sont pas représentatifs. Les seuls chiffres pertinents sont ceux des malades en réanimation.

"Alors que la plupart des tests pratiqués aux Etats-Unis font 37 ou 40 cycles, plusieurs spécialistes interrogés par le New York Times estiment que la limite devrait être fixée à 35 ou 30 cycles, voire encore moins, pour considérer un test comme « positif » – ou, du moins, pour considérer qu’un patient serait contagieux.
En France, les tests pratiqués réalisent entre 40 et 45 cycles, selon le conseil scientifique Covid-19. « Des valeurs de CT élevées sont souvent le reflet d’une quantité de virus faible ou nulle (débris de virus) signalant que la personne testée ne présente pas de risque. »
(...)
85 % à 90 % des tests qui se sont révélés positifs en juillet dans le Massachusetts ne l’auraient pas été si le nombre de cycles avait été abaissé de 40 à 30."

https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/09/09/covid-19-l-hypersensibilite-des-tests-pcr-entre-intox-et-vrai-debat_6051528_4355770.html
https://genomique.iric.ca/resources/files/Comprendre_les_resultats_qPCR.pdf
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_conseil_scientifique_27_juillet_2020.pdf#page=30
https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html

Intéressant à savoir, merci masta.

Tout cela n'est qu'un faux débat.
Comme pour tout système de test, la sensibilité peut-être poussée et il y aura plus ou moins de cas positifs détectés selon le réglage (c'est comme en trading pour le réglage d'une moyenne mobile ou d'un oscillateur).
Le problème est que des personnes guéries qui ne sont pas contaminantes sont souvent porteuses de débris du virus sous forme inactive ce que détectera un test hypersensible (pas bien) et pas un test peu sensible (très bien) mais que des personnes au début de leur contamination, elles mêmes contaminantes mais ayant très peu de matériel viral prélevé nécessiteront justement des tests hypersensibles pour être repérées (super bien) alors qu'un test peu sensible ne les repère pas (pas bien du tout).
Donc à chaque réglage de la sensibilité il y aura des avantages et des inconvénients, c'est aux scientifiques de faire les bons choix.
La phrase: "85 % à 90 % des tests qui se sont révélés positifs en juillet dans le Massachusetts ne l’auraient pas été si le nombre de cycles avait été abaissé de 40 à 30." est lourdement trompeuse et donne l'impression que les tests c'est un peu n'importe quoi, alors qu'en fait cette phrase veut aussi dire que si la sensibilité avait été abaissée beaucoup de cas n'aurait pas été détectés dont un bon nombre de malades contaminants.

@masta:
Je ne vais pas créer une file juste pour cette question: tu sais ce qu'il en est de savoir si attraper le virus confère une immunité?

Amarantine, ce virus est assez déroutant. Alors oui, il semble conférer une immunité. Mais il y'a peut-être des formes chroniques. Ou du moins avec des séquelles. Comme tout virus, il mute. Et comme la plupart des virus, sa stratégie est de se reproduire au maximum, donc de ne pas tuer trop vite son hôte. Donc les mutations semblent atténuer sa dangerosité (cela reste à confirmer). Il y'a quelques cas de réinfections, mais sans symptômes (ou très légers).
Les anticorps sont retrouvés chez les sujets ayant été atteints.
Comme un rhume (qui sont souvent causés par des coronavirus d'autres espèces), il est possible d'attraper un rhume toute sa vie, mais jamais le "même". Alors il est possible que ce virus devienne bénin et s'ajoute à la liste des coronavirus bénins classiques. D'ailleurs il est bénin pour la majorité des classes d'âges, sinon nous aurions une hécatombe. Il est parfois mortel, mais comme le souligne les cas aux USA, la plupart avaient des comorbidités (2,6 en moyenne aux USA). En gros il ne tue que très rarement les gens en bonne santé, et encore plus rarement les gens de moins de 50 ans. Contrairement à la grippe saisonnière, qui tue les très jeunes, et les très vieux.

Motiyo, le problème c'est que l'hypersensibilité de ces tests entraînent des conditions de vie dégradées pour la population. On brandit ce nombre de cas positifs comme si il y'avait une deuxième vague, alors qu'il n'y en a pas. Et on nous pourrit la vie sur ce simple nombre. Alors très bien, hyper testons, mais ne nous servons pas de cela pour nous gâcher la vie.

Je me permet une réponse Amarantine que complètera Masta:
Attraper le virus confère bien une immunité dont on ne sait pas actuellement le temps qu'elle durera (quelques mois au pire, cas peu probable, ou quelques années mais à priori pas une immunité définitive).
Il y a, dans le monde, quelques cas isolés de personnes ayant attrapé deux fois la maladie, certains avaient une déficience immunitaire donc le cas n'est pas significatif mais un cas particulier est inexplicable...peut on faire une généralité à partir d'un ou de quelques cas isolés pour dire qu'il n'y a pas d'immunité alors que pour les centaines de milliers d'autres voire de millions il n'y a jamais eu de deuxième contamination ?

ah nos posts se sont croisés

Le(s) (quelques ?) cas sont bénins ou asymptomatiques. Il est aussi possible que l'on détecte des débris de virus (justement à cause de l'hypersensibilité), et que les symptômes soient liés à une autre maladie. Mais comme il y'a des traces de Sars-Cov2, on attribue ceci à cela...Et c'est une forme mutée.

"Le 15 août, alors que l'homme revient d'Espagne, il est testé à nouveau positif à l'aéroport de Hong Kong, malgré une absence totale de symptômes. Or, une analyse génétique montre que les deux infections successives ont été causées par deux souches différentes du virus SARS-CoV-2, la seconde correspondant à une souche circulant en Europe en juillet et août, et n'étant donc pas présente en mars en Chine. Cela exclut de fait une « résurgence » de la première infection ainsi qu'un cas de Covid-19 persistante comme on peut l'observer chez de nombreux malades.
(...)
Les cas de deuxième contamination rapportés en Corée du Sud se sont en revanche révélés être des « faux positifs » induits par la présence de cellules mortes dans les voies aériennes."

https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-covid-19-premier-cas-confirme-reinfection-82626/

je pense qu'il faut arrêter de tester les asymptomatiques, comme le préconisent certains médecins. Ou au moins diminuer la sensibilité. Et arrêter de brandir le nombre de cas positifs comme alpha et oméga de la situation.

Je répondrais à Masta:
Ce virus mute peu et, en tous cas, jamais de mutation à présent sur un élément qui augmenterait sa toxicité.
Ce virus possède des codes de vérification de sa réplication (c'est une image) que n'ont pas les multiples variétés de virus de la grippe par exemple d'où la nécessité d'adapter un vaccin chaque année aux mutations du virus grippal.
Personnellement j'ai du mal à accepter que le virus puisse avoir une intelligence l'amenant finalement à protéger l'hôte qui lui permet sa réplication. Pour moi le virus est une chose (même pas un être vivant) qui n'est soumis qu'à la loi du hasard. S'il est trop toxique cela le conduira à son extinction car la mort de son hôte ne lui permet pas de diffuser. Une forme mutée moins toxique permettra à son hôte de vivre et de disséminer ses répliques longtemps d'où cette forme de sélection naturelle qui ne correspond en rien à un acte d'intelligence.

Je n'ai pas parler d'intelligence. Seulement on voit bien des "stratégies" différentes selon les virus. Oui il s'agit de pression de sélection.

Alors faut-il dépister systématiquement ?
Là est la vraie question.
Cependant il y a une autre question: est-on trop anxiogène avec cette maladie ?
J'ai pas la réponse mais je constate qu'il n'y a pas assez de solidarité entre nous et que les rassemblements non autorisés comme les teufs improvisées de plusieurs centaines (voire millier) de personnes ou autorisées comme la féria à Arles prochainement (pas de masque + alcool + foules compactes vociférantes) sont de grosses erreurs du type du rassemblement évangélique en Alsace dont on sait combien il a couté cher en terme de dissémination de la maladie.

oui Masta mais évitons de "personnaliser" ce virus comme un être vivant alors qu'il n'est qu'un bête code génétique qui se balade au gré du vent et qu'il suffit de lui opposer les gestes barrières pour s'en protéger.

Il est impossible d'empêcher les humains de vivre. Sinon ils meurent. Donc il y'aura toujours des fêtes. Les jeunes ont bien compris qu'ils n'étaient pas à risque de toutes façons. Il faudra un "vrai" virus pour changer la donne. Le débat est vif entre scientifiques concernant la classification des virus en être vivants ou non. Le débat n'est pas tranché. Nous avons tous une soixantaine de virus en permanence en nous, gestes barrières ou pas...
Il est très probable que les virus soient des alliées évolutifs des "formes de vies supérieures".

Merci pour la réponse masta et la discussion Motiyo.

Ce qui était inquiétant c'était l'inconnu de l'ampleur de la mortalité que ça allait engendrer, la foule que nous étions étions apeuré par la menace de la mort sournoise; mais honnêtement je n'ai jamais croisé quelqu'un qui me disait qu'il fallait faire attention à des virus comme la grippe pourtant en lisant les articles des journaux sur le net vous seriez surpris de la gravité et des services de réanimation submergées avant la crise covid qui a rendu la mort insupportable à accepter.
J'avais vu une vidéo lors de la première vague, une grand mère de 94 ans chez qui le virus était et qui est passé comme une lettre à la poste sans aucune gravité. ceci pour la partie au-dessus qui évoque "a t'on trop peur du virus ?"...
Cette histoire trade beaucoup dans le temps et il y a beaucoup de conséquences psychologiques je pourrai vous en dénombrer beaucoup sur une liste, je crois que l'on a atteint une limite et que si cela ne se calme pas (sur l’aspect anxiogène) cela va amener des troubles. j'étais encore il y a quelques jours dans un endroit clos où le masque n'est pas obligatoire à un mètre d'un malade du covid. Mon ressenti? L'indiférence.

"Le dépistage des cas de Covid-19 sans évaluation de la charge infectieuse est un non-sens épidémiologique.
(...)
Si la zoonose Covid-19 est due au virus SARS-CoV-2, l’inverse n’est pas vrai : la présence de fragments de SARS-CoV-2 dans les fosses nasales n’entraîne pas automatiquement la maladie, ni la contamination."

https://www.lemonde.fr/idees/article/2020/11/07/covid-19-des-biais-amplifient-artificiellement-le-nombre-de-cas-positifs-et-faussent-la-perception-de-la-gravite-de-l-epidemie_6058857_3232.html

"Le dépistage des acides nucléiques [tests PCR] dans toute la ville de Wuhan de l'infection par le SRAS-CoV-2 a recruté près de 10 millions de personnes.
(...)
Par rapport aux patients symptomatiques, les personnes infectées asymptomatiques ont généralement une faible quantité de charges virales et une courte durée d'excrétion virale, ce qui diminue le risque de transmission du SRAS-CoV.
Dans la présente étude, la culture du virus a été réalisée sur des échantillons de cas positifs asymptomatiques, et n'a trouvé aucun virus SRAS-CoV-2 viable.
Tous les contacts étroits des cas positifs asymptomatiques se sont révélés négatifs, ce qui indique que les cas positifs asymptomatiques détectés dans cette étude étaient peu susceptibles d'être infectieux."

https://www.nature.com/articles/s41467-020-19802-w

J'avais vue sujet sur la fiabilité des tests, ça date de 5 mois, j'espère qu'il y a hu des progrès depuis.
https://youtu.be/vrjmY_ffgAg